循環(huán)腫瘤細(xì)胞CNV文庫構(gòu)建試劑盒,Rubicon

PicoPLEX™DNA-seq試劑盒使用技術(shù)，單管三步法3小時(shí)內(nèi)完成單細(xì)胞擴(kuò)增。

PicoPLEX™DNA-seq試劑盒旨在擴(kuò)增單細(xì)胞基因組DNA，以便在Illumina®新一代測(cè)序（NGS）平臺(tái)上可靠檢測(cè)染色體非整倍體和拷貝數(shù)變異（CNV）。可應(yīng)用于包括使用卵裂球和滋養(yǎng)外胚層細(xì)胞的植入前基因篩查（PGS）和需要單細(xì)胞擴(kuò)增的循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTC）中的CNV檢測(cè)。

PicoPLEX DNA-seq Kit

適用Illumina®NGS平臺(tái)的單細(xì)胞文庫制備

Single Cell Library Preparation for Illumina® NGS Platforms

英文名稱：PicoPLEX DNA-seq Kit

中文名稱：PicoPLEX DNA-seq單細(xì)胞文庫制備試劑盒

用途：?jiǎn)渭?xì)胞DNA擴(kuò)增制備illumina文庫，用于植入前遺傳診斷和循環(huán)腫瘤細(xì)胞檢測(cè)。

成功實(shí)例：PicoPLEX DNA-seq試劑盒已成功處理單卵裂球，滋養(yǎng)外胚層細(xì)胞和培養(yǎng)細(xì)胞。

 PicoPLEX DNA-seq試劑盒可為單一細(xì)胞提供穩(wěn)定且可重現(xiàn)的DNA擴(kuò)增，用于有限的測(cè)序覆蓋度分析，不適用于高覆蓋率的深度測(cè)序，如從頭測(cè)序和/或全基因組測(cè)序。

測(cè)序平臺(tái)：PicoPLEX庫推薦的測(cè)序平臺(tái)是Illumina MiSeq系統(tǒng)和HiSeq 2000/2500。要在Illumina NextSeq測(cè)序儀上使用，請(qǐng)?jiān)趲鞙?zhǔn)備之前技術(shù)咨詢。

 PicoPLEX®技術(shù) - 曾用于微陣列（arrays）法的單細(xì)胞拷貝數(shù)變異檢測(cè)，現(xiàn)在有單管形式可在Illumina NGS平臺(tái)上使用。 PicoPLEX WGA（單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增）長期以來一直被*的IVF診所用于植入前基因篩查和診斷，以檢測(cè)染色體非整倍體和拷貝數(shù)變異。

PicoPLEX DNA-seq試劑盒簡(jiǎn)化了文庫制備，整個(gè)過程在單個(gè)試管或單孔內(nèi)進(jìn)行，減少了錯(cuò)誤和污染，加快了時(shí)間，并降低了成本。PicoPLEX DNA-seq試劑盒包含48份反應(yīng)，包含將48份單細(xì)胞或DNA（6 pg至60 pg）轉(zhuǎn)換為illumina NGS文庫所需的一切，包括雙端索引（illumina indexes，放在一次性使用的微孔板中）。

Rubicon Picoplex試劑訂購信息

48次反應(yīng)，包含一次性使用96孔板的48個(gè)雙端illumina indexes。

PicoPLEX DNA-seq試劑盒受美國8,206,913和歐盟待決申請(qǐng)的保護(hù)，僅供研究使用。

歡迎您致電 重慶市華雅干細(xì)胞技術(shù)有限公司 ，  ：

Rubicon公司成立于2000年，總部位于美國密歇根州。產(chǎn)品都擁有技術(shù)，檢控嚴(yán)格，擁有cGMP級(jí)生產(chǎn)能力，有多個(gè)OEM合作伙伴，是單細(xì)胞測(cè)序文庫構(gòu)建的。2017年1月，Rubicon 成為Takara的一員，并且發(fā)展良好。

單細(xì)胞新一代測(cè)序簡(jiǎn)介

新一代測(cè)序（NGS）能夠?qū)υS多應(yīng)用進(jìn)行精確和無偏差的基因組分析，包括檢測(cè)染色體非整倍性，拷貝數(shù)變異（CNV）、插入和缺失。這些檢測(cè)尤其適用IVF診所的胚胎植入前基因篩查（PGS）和癌癥遺傳學(xué)。

所有這些應(yīng)用的起始材料由于使用單細(xì)胞而受到限制，并且需要基因組的可重復(fù)性擴(kuò)增作為NGS下游分析的先決條件。 PicoPLEX DNA-seq試劑盒專為滿足這種不斷增長的需求而開發(fā)，可幫助從單個(gè)細(xì)胞制備Illumina兼容NGS文庫。

PicoPLEX DNA-seq文庫用于表征*的基因組特征，包括體外受精（IVF）診所PGS診斷所需染色體非整倍體異常和拷貝數(shù)變異檢測(cè)，以及癌癥研究的單腫瘤細(xì)胞（如CTC）。

PicoPLEX DNA-seq 優(yōu)點(diǎn)

減少ambiguity：高度可重復(fù)的CNV和非整倍體檢測(cè)

減少工作流程：三步完成從單細(xì)胞到測(cè)序即用文庫的制備

降低成本：?jiǎn)蝹€(gè)試劑盒包含測(cè)序文庫制備所需一切

減少污染和錯(cuò)誤：文庫制備在單管或單孔中完成，不需要轉(zhuǎn)移

縮短結(jié)果時(shí)間：Illumina NGS文庫在不到3個(gè)小時(shí)內(nèi)制備好

循環(huán)腫瘤細(xì)胞CNV文庫構(gòu)建試劑盒,Rubicon

Highly Reproducible CNV Detection Over the Entire Genome：Amplified libraries from 11 individual flow-sorted H929 cells were sequenced on an Illumina MiSeq® and downsampled to 250,000 total reads. Thirty-five base single-end reads were mapped to human over the entire genome.

染色體1中高度可重復(fù)的CNV檢測(cè)：每個(gè)單獨(dú)的H929細(xì)胞中（參見上圖），如粉紅色或藍(lán)色條所示，在染色體1中*檢測(cè)到22Mb丟失和30Mb增加。

PicoPLEX DNA-seq Kit試劑盒參數(shù)

 樣本

上樣量：該試劑盒每次反應(yīng)可容納5μL加樣量（細(xì)胞和緩沖液zui高2.5μL）。如果細(xì)胞在1x PBS中，則不要超過2.5μL的PBS。

適用樣本：1-10個(gè)哺乳動(dòng)物細(xì)胞（例如卵裂球，極體，滋養(yǎng)層細(xì)胞，羊膜細(xì)胞，CTC，培養(yǎng)細(xì)胞）；分離的DNA（6 pg - 60 pg人類DNA）；超過50 pg加樣量是可能的，但需要在步驟6和10處優(yōu)化；分選的染色體。

樣本采集兼容方法：流式分選（不要固定），稀釋和顯微操作與PicoPLEX DNA-seq兼容。

細(xì)胞洗滌：建議在PBS（不含鈣，鎂和BSA）中洗滌并限制洗滌緩沖液低于2.5μL。

反應(yīng)時(shí)間

PicoPLEX DNA-seq試劑盒可在<3小時(shí)內(nèi)裂解細(xì)胞并準(zhǔn)備好含indexes的NGS適用文庫。

運(yùn)輸和存儲(chǔ)：PicoPLEX DNA-seq試劑盒（目錄號(hào)R300381）在干冰上運(yùn)輸。試劑盒應(yīng)在抵達(dá)后保存在-20°C。

 質(zhì)量控制：PicoPLEX DNA-seq Kit使用新一代測(cè)序（NGS）對(duì)應(yīng)規(guī)格進(jìn)行測(cè)試，以確保產(chǎn)品質(zhì)量和*性。

 安全信息：遵循標(biāo)準(zhǔn)的實(shí)驗(yàn)室安全程序并穿戴合適的實(shí)驗(yàn)服，防護(hù)眼鏡和一次性手套，以確保人身安全并減少樣品制備和后續(xù)擴(kuò)增反應(yīng)過程中潛在的交叉污染。更多信息請(qǐng)參閱相應(yīng)MSDS。

原理和工作流程

PicoPLEX DNA-seq原理圖

PicoPLEX DNA-seq基于Rubicon Genomics的PicoPLEX技術(shù)，用于單細(xì)胞基因組DNA（gDNA）擴(kuò)增，該技術(shù)使用多重循環(huán)的隨機(jī)引物進(jìn)行可重復(fù)文庫構(gòu)建。 PicoPLEX DNA-seq Kit遵循PicoPLEX WGA Kit的相同三步工作流程，包括細(xì)胞裂解，預(yù)擴(kuò)增和zui終擴(kuò)增。首先，特制配方裂解細(xì)胞并打斷DNA。接著，專門設(shè)計(jì)的隨機(jī)引物通過對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行zui小限度的擴(kuò)增來選擇性地預(yù)擴(kuò)增DNA，以產(chǎn)生高度可重現(xiàn)的文庫。zui后，用包含Illumina雙重條形碼的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增得到測(cè)序就緒文庫。

組份

循環(huán)腫瘤細(xì)胞CNV文庫構(gòu)建試劑盒,Rubicon

性能

免除文庫定量：

流式分選所得unsynchronized H929細(xì)胞擴(kuò)增后，以恒定體積pooling，并且加載到MiSeq v3流通池上。由于PicoPLEX DNA-seq反應(yīng)產(chǎn)生高度可重復(fù)的產(chǎn)物，所以pooling之前無需對(duì)文庫進(jìn)行定量。圖中空白柱子部位表示該孔不含細(xì)胞。

PicoPLEX DNA-seq試劑盒提供的染色體非整倍體檢測(cè)與arrays（陣列）分析*：通過使用相同的單胚胎細(xì)胞文庫進(jìn)行陣列和NGS檢測(cè)，PicoPLEX DNA-seq試劑盒與24sure™陣列（Illumina）等效。文庫以48個(gè)兼容的條形碼pooling，并在2x100 MiSeq v2 PE中進(jìn)行測(cè)序。

測(cè)序結(jié)果與陣列結(jié)果*，測(cè)序顯示2p（如圖）的末端增益和12q末端丟失（數(shù)據(jù)未顯示），這與通過高分辨率FISH分析確認(rèn)的親本DNA中未檢測(cè)到的易位*。（數(shù)據(jù)由GIVF提供）。

PicoPLEX DNA-Seq Kit引用文獻(xiàn)

• New protocol based on massive parallel sequencing for aneuploidy screening of preimplantation human embryos

• Vendrell et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine, DOI: 10.1080/19396368.2017.1312633

• Construction of thousands of single cell genome sequencing libraries using combinatorial indexing

• Vitak et al. bioRxiv Jul. 23, 2016; doi: http://dx.doi.org/10.1101/065482.

• A linkage map for the Newt Notophthalmus viridescens: Insights in vertebrate genome and chromosome evolution

• Keinath et al. 2014 Developmental Biology

ThruPLEX系列產(chǎn)品

Rubicon公司成立于2000年，總部位于美國密歇根州。產(chǎn)品都擁有技術(shù)，檢控嚴(yán)格，擁有cGMP級(jí)生產(chǎn)能力，有多個(gè)OEM合作伙伴，是單細(xì)胞測(cè)序文庫構(gòu)建的。2017年1月，Rubicon 成為Takara的一員，并且發(fā)展良好。

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